Вот что мне удалось набрать по теме:
В военное время («особый период») планировалось рассредоточить органы КГБ по запасным пунктам. Центральный аппарат КГБ должен был осуществлять руководство подчиненными ему органами с запасных пунктов Московской зоны. На случай его вывода из строя, руководство передавалось размещенному за пределами Москвы Дублеру КГБ. Положение о дублере КГБ (
http://www.kgbveikla.lt/dokumentai/mobilizacijos/1104_01a.pdf) было утверждено 22 июля 1988 г. Согласно этому положению, Дублер формировался на базе заблаговременно созданной оперативной группы и УКГБ по Пензенской области и размещался на «Объекте 6163». Аналогично формировались дублеры КГБ-УКГБ союзных и автономных республик, краев и областей. Положение о дублере органов КГБ на особый период (
http://www.kgbveikla.lt/dokumentai/mobilizacijos/1104_02a.pdf) было утверждено 20 февраля 1985 г. Приказом КГБ №0025-1981 г. определялись дополнительные права руководящего состава КГБ в военное время.
Все органы КГБ развертывались по штатам военного времени, при этом планировалось восстановление органов КГБ на транспорте (упраздненных в 1960 г.). Военная контрразведка формировала на базе Особых отделов Управления особых отделов по фронтам и флотам. Также в войсках создавались подразделения «ВЦ» (военной цензуры).
Для действий в особый период территориальные орган готовили резерв агентуры. При этом, агенты, призванные в Действующую Армию, подлежали передаче на связь органам военной контрразведки.
Приказом КГБ №0060 от 26 мая 1978 г. и Положением об оперативно-боевых отрядах органов КГБ, утвержденным постановлением ЦК КПСС и СМ СССР от 4 апреля 1978 г. предусматривалось создание в территориальных КГБ-УКГБ для действий в особый период нештатных подразделений спецназначения: оперативно-боевых отрядов (групп).
Известно не много... Но если задуматься, то и слава Богу, что немного )